株式投資を通じて得た利益、つまり「儲け」は課税対象です。きちんと税金を払わないといけないのですね。払わなかったらどうなるのか？当たり前ですが、税務署から払って下さいと言われます。脱税行為ですから……。
支払わなかったことについて、認識の違い、例えば「これが課税されるとは思っていなかった」ならまだ良いですが、意図的に払わなかった場合はそれなりにペナルティが課せられます。後者の方が時効も長いです。
そして勿論のことながら、日々の勘定で「これが課税対象になるとは……」というのならまだしも、「株式投資には税金が掛かる」ということ自体には認識も何も、解釈も何もありませんから、『支払わないといけないなんて「本当に」知らなかった』としても、支払いを免れることは出来ません。
税金を納めなかった場合は本当に痛いです。このことは『税務署にばれる！株で儲けたのに無申告で脱税した投資家の例』で触れていますが、今回はそうならないためにきちんと税金を納めるための方法を解説したいと思います。
特定口座源泉徴収ありで口座を開設する
これは『一般口座と特定口座の違いってなに？それぞれのメリット』で解説していますが、証券口座を開設する時に「特定口座源泉徴収あり」で申し込むと、証券会社が納税を全て代行してくれます。あなたは好きなように取引し、そう、全く取引しなくても、少しだけ取引をしても、沢山取引をしても、「何もしなくても」証券会社が納税してくれます。
「納税してくれる」について、例えば全く取引をしていないのなら、そもそも税金は掛かりません。そして個々の取引の度に所定の税金が引かれます。1回だけの取引であろうと100回も取引をした場合であっても、取引毎に課税された状態で一回一回が終わるのです。
そして年が明ければ、一年の取引状況を税務署に報告する形で証券会社が手続きをしてくれるというわけなのですね。
『一般口座と特定口座の違いってなに？それぞれのメリット』での結論としても書いていますが、この方法が一番効率的で間違いがなく、あなたは何もしなくて良いという意味で一番お勧めです。
特定口座源泉徴収なしで口座を開設する
これは『一般口座と特定口座の違いってなに？それぞれのメリット』で解説していますが、これは証券会社が一年の取引状況を記録した「（特定口座）年間取引報告書」というのを証券会社が作ってくれてあなたの所に送ってくれます。
それを基にあなたは確定申告をするというわけです。「え？じゃあ源泉徴収ありとどう違うの？」と思われるかも知れませんね！その感覚、鋭いです！
株式投資の利益は、年間損益で20万円を超えない限り、申告しなくて良いのです。年間で見て20万円を超えなければ放置で良いのですね。ただ、もし損失があった場合はどうでしょう？
この場合、その損失を3年間繰り越せるのです。
今年の損失がマイナスで来年一年間の損益がプラスだと、そのプラスの分から今年のマイナス分を相殺させ、その相殺額を課税対象額にすることが出来るのです。もし相殺した額が20万円を超えなければ課税対象ではないし、大きく儲けてもマイナス分を引くことによって支払う税金がその分減るのです。
源泉徴収なしの場合は個々の取引で税金が引かれません。その分、毎回毎回取引の度に税金が引かれる源泉徴収ありの場合と変わって来ますが、源泉徴収ありの場合でも払い過ぎた税金は戻って来ることもあります。
一般口座で口座を開設する
これは『一般口座と特定口座の違いってなに？それぞれのメリット』で解説していますが、「自分で」年間取引報告書を作って確定申告します。この年間取引報告書は難しい書式ではありませんから作ろうと思えば出来ないことはありませんが、報告書に「そもそも書き込んでいない取引」があったり「数字の間違い」があると痛かったりします。
証券会社では、ログインした後に自分の取引状況を見ることが出来、そしてその情報をCSVなどにエクスポートしてダウンロード出来るサービスを展開しているところもありますが、ミスを避けたり手間を省きたいのなら、特定口座（そして源泉徴収あり）を選ぶのが賢明です。
まとめ
あくまでこれは（現物投資の）株式投資の場合です。
FXや先物などはそもそも特定口座とかいう概念がありません。こういった商品の取引は自分で年間取引報告書を作成して確定申告することになります（とは言っても、現物みたいに色々な銘柄を売買するのではなく、FXなら通貨ペア、日経225先物なら「○○年○月限（ラージまたはミニ）」で取引量を書き込んで損益を羅列していくだけですが……）。
取引は実験を兼ねたりどんなものかを実感するために気軽に出来ますが、納税行為自体は毎回毎回きちんとしなければなりません。ミスも許されません。
あなたにとって確実なやり方を選んで、きちんと納税して下さいね。